快速マリンライナーのトイレはすべての電車に設置されている。まず1号車はどの列車でも必ずある。5両編成はさらに4号車にある。7両編成はさらに4・6号車にある。
現在はすべて洋式トイレとなっていて、和式の便器は1つもない。車両ごとの違いは、連結車両数のみである。
マリンライナー号には普通車自由席のほかに、指定席とグリーン車の2階建ての車両があるが、トイレに限っては自由席利用者でも使える。
編成ごとのトイレの設置場所
| 編成 | トイレの設置場所 | 概要 |
| 2両編成 | 1号車 | 全車自由席 |
| 3両編成 | 1号車 | |
| 5両編成 | 1号車、4号車 | 3+2両編成 |
| 7両編成 | 1号車、4号車、6号車 | 3+2+2両編成 |
電車内が混雑している時間帯の場合、自由席側は立ち客が多いため、トイレに行きづらいこともある。
一方の2階建て車両は座席指定側の車両のため、トイレの出入口に立ち客がいることがない。
2・3両編成は1か所
早朝と深夜の一部の快速マリンライナー号は2両編成で運転される。この場合は全車普通車自由席で、グリーン車・指定席はない。
ただし、トイレは設置されている。1号車に必ず御手洗の設備がある。便器はすべて洋式で、心配する人が多い和式ではない。
日中の一部の電車は3両編成で運転される。この場合は1号車が2階建て車両でグリーン車・指定席となっている。
トイレも1号車のみとなる。グリーン車は特にデッキに立っている場合でもグリーン券が必要になる。指定席も乗車券や定期券のほかに指定席券が必要になる。
ただし、トイレがあるのは出入口付近であり、ここはグリーン車ではない。したがってトイレ利用ならグリーン券や指定席券の購入を求められることはない。
5両編成は2か所
5両編成の快速マリンライナー
多くの快速マリンライナーは5両編成で運転される。使われる車両はJR四国所属の5000系3両とJR西日本所属の223系2両で、これらが連結されて5両になる。
トイレは5000系側と223系側にそれぞれ1か所という形だ。つまり、1号車と4号車になる。合計で2か所というわけだ。
岡山～児島間のJR西日本区間では、1号車のトイレは指定席・グリーン車利用者用、4号車は自由席利用者用として案内される。児島～～高松間のJR四国区間ではすべて誰でも使えると案内される。
とはいえ、実際のところは全区間どこのトイレを使っても問題にはされない。JR西日本区間でも、自由席利用者が1号車のトイレを使っても乗務員から何か言われることは基本的にないようだ。
7両編成は3か所
朝夕のラッシュになる時間帯では快速マリンライナーは7両編成で運転される列車が多くなる。
使われる車両はJR四国所属の5000系3両とJR西日本所属の223系4両（2両編成×2つ）である。トイレは5000系側に1か所、223系側に2か所ある。合計では3か所だ。
基本的には5両編成の場合と同じで、7両編成になるともう1か所増えるだけになる。もちろん、いずれも洋式トイレである。
トイレの場所ごとの混雑度
ところで、同じ快速マリンライナーでもトイレごとに混雑度は若干違いが見られる。5両以上の編成では最低2か所あるが、1号車と4号車の利用状況は別になる。
どちらかというと、1号車の2階建て車両のトイレの方が混雑しやすい。岡山～高松間を通しで乗り続ける人がほとんどのグリーン車、指定席利用者が使うためだ。
しかもグリーン車、指定席は「席取り」がいらないため、自由席利用者よりも気軽にトイレに行ける。
確率的に空いているのは4号車の自由席側のトイレになる。
区間ごとでは、下りは岡山駅発車直後、上りは高松駅発車直後が最も利用率が高い。他路線からの乗り換え客がちょうど御手洗に行きたいころになるためだろう。
